NGS SEQ

Genome Sequencing & Analysis Service

de novo Assembly

아직까지 참조유전체서열이 존재하지 않거나, 개체의 상당한 구조변이가 예상되는 전체 genome을 분석하는 방법입니다. 얻어진 결과를 바탕으로 육종이나 질병에 대한 유전적 요소를 유추할 수 있습니다. Long read sequencing과 OpGen의 optical mapping 및 Hi-C 기술을 활용하여 높은 정확도로 유전체를 구축합니다.

Genome re-sequencing

가용 가능한 참조유전체 서열이 존재하는 경우, Genome re-sequencing은 de novo assembly에 비해 저렴한 비용으로 개체의 SNP, indel을 비롯한 변이정보를 효과적으로 확인할 수 있습니다.

Whole Genome Shotgun Sequencing (WGS) Genomic DNA를 Random하게 잘라 Library를 구축하고 전체 유전체에 대한 염기서열 정보를 확보하여 유전체 전체에 존재하는 개체 변이정보를 확보하는데 사용합니다.
Whole Exome Sequencing (WES) Genomic DNA 중 유전자 묶음 지역인 exome영역만을 capture하여 sequencing하는 방법으로 유전자 지역의 변이를 발굴하는데 효과적인 방법입니다. 전장 유전체 분석방법에 비해 적은 데이터 생산비용으로 유전자 지역에 대한 Genotype 정보를 확인할 수 있습니다.
- TruSeqExome Enrichment kit (Illumina)
- NexteraExome Enrichment kit (Illumina)
- SureSelect All Exon Kits (Agilent)

Transcriptome Sequencing & analysis service

Whole Transcriptome Sequencing (Strand Specific available): Whole transcriptome sequencing을 통하여, 각 유전자의 발현 정도 확인 뿐만 아니라, 새로운 transcript, splice isoform, transcript 구조, 질병과 관련된 coding SNP 연구, 그리고 small RNA data를 분석 등에 이용할 수 있습니다.

mRNA Sequencing (Strand Specific available): 기존의 mRNA-seq을 통해 확인할 수 있던 differential gene expression profiling외에도, strand specific mRNA library를 통해 strand orientation, uniform coverage, alternative transcript, gene fusion, allele-specific expression 등과 관련된 추가 분석이 가능합니다

Small RNA Sequencing: Small RNA의 NGS 분석을 통하여 다양한 small RNA의 expression 정도, 새로운 small RNA 유전자 발견과 그 기능에 대한 예측 가능한 결과를 얻고, 이것을 바탕으로 cancer 연구 등에 활용하실 수 있습니다.

Nanopore cDNA isoform Sequencing: 3세대 염기서열 분석법인 Nanopore 분석의 Long read를 활용하여 mRNA를 Isoform 단위로 분석이 가능합니다. 기존 Illumina 방식에 비해 Expression의 정확도 및 특정 Isoform의 발현량을 파악하는데 장점이 있으며 참조유전체 서열이 존재하지 않는 생물의 연구에도 효과적으로 활용될 수 있습니다.

GBS(Genotyping-by-Sequencing) analysis

GBS는 차세대 염기서열분석(NGS)를 효과적으로 활용할 수 있는 응용기술 중의 하나로, 전체 유전체를 제한효소로 처리하여 생성된 절편 중 특정 크기의 절편을 모아 Library로 구축하여 전체유전체 지역에 존재하는 Genotyping 정보를 확보하는 분석 방법입니다. GBS는 특정한 Kit을 사용하지 않기 때문에 분석대상 종에 제한이 없으며 참조유전체 서열이 없는 경우에도 분석이 수행가능하고 전장유전체 분석방법에 비해 확보되는 변이의 수가 적고 원하는 지역을 지정할 수는 없지만 샘플당 분석비용이 매우 저렴한 것이 장점입니다.

Custom Gene Panel & Analysis Service

전체 유전체 지역 중 일부 목표 부위에 대한 Genotyping을 효과적으로 수행할 수 있는 방법입니다. GWAS(Genome Wide AssociationS tudy)와 같은 유전체 연구를 통해 밝혀진 특정 표현형, 질병 관련 좌위나 관심 있는 특정 관심 변이좌위를 증폭할 수 있는 맞춤형 Primer를 제작하여 해당좌위를 capture한 후 염기서열 분석을 수행하여 변이정보를 확인합니다. 기존의 Sanger Sequencing, PCR등을 이용한 Genotyping 방법에 비해 한 번에 분석 가능한 좌위의 수와 샘플수가 많아 대량의 샘플에 대한 많은 좌위의 Genotyping을 수행하는데 매우 효과적입니다.

Mitochondria & Chloroplast Genome Construction Service

아직까지 미토콘드리아 유전체가 확보되지 않은 동식물의 Mitochondiral Genome을 구축하는 서비스입니다. 전장유전체분석에 포함된 미토콘드리아 유전체 정보를 이용하여 미토콘드리아 유전체 서열을 재구축하며 Nanopore와 같은 3세대 Single Molecule Sequencing을 효과적으로 활용하여 2세대 염기서열 분석방식의 AT Rich, GC Rich Region에 대한 취약점을 극복하고 Complete 수준의 유전체를 완성합니다.

Complete Microbial Genome Assembly Service

미생물은 동식물과 같은 고등생물에 비해 수평적 유전자 이동과 플라스미드를 비롯한 유전자 교환 등으로 같은 종 내에서도 유전적 차이가 크기 때문에 특정 미생물의 유전적 특성파악을 위해서 기본적으로 de novo assembly를 수행합니다. 3세대 Nanopore 염기서열 분석기법을 기반으로 기존 Pacbio 분석 대비 보다 합리적인 가격으로 complete level미생물 유전체 재구축 서비스를 제공합니다.

Species Level Metagenome Community Analysis Service

기존 Illumina Miseq을 이용한 메타지놈 군집 분석은 염기서열 분석길이의 제한으로 인해 담보 가능한 미생물 분석의 해상도가 Genus Level로 제한됩니다. 이에 Nanopore염기서열분석에서 생산되는 Long read와 신규 계통분석마커로 활용가능한 rRNA Operon 서열을 활용하여 합리적인 비용으로 기존 분석의 분석해상도를 뛰어넘는 Species Level의 메타지놈 군집분석 서비스를 제공합니다.

Metagenomic Resistome, Mobilome Analysis Service

미생물 군집에 존재하는 미생물의 종류만을 파악하는 것을 넘어 미생물 군집이 가지는 특성을 유전자 수준으로 파악하여 군집 특성 파악에 중요한 항생제 저항성 인자, 전이인자 등과 같은 다양한 유전자 분석을 수행합니다. 계통분석 정보를 기반으로 기능을 예측하는 PICRUST분석의 제약점을 효과적으로 극복할 수 있습니다.

Genome Methylation Analysis Service

기존 주류 분석 방법인 Methylation Enrichment 방식의 분석이 아닌 Nanopore 3세대 분석방법을 활용하여 Single base resolution의 DNA 메틸레이션 분석을 수행합니다. 기존 분석방법에 비해 별도의 데이터 생산 없이 분석이 가능하기 때문에 분석비용이 보다 합리적이며 bisulfite sequencing 등의 추가적인 분석없이 개별염기서열의 메틸레이션을 분석할 수 있는 효과적인 분석 방법입니다.

분석 시료 QC 요구사항

*QC Vol. 제외		Conc. (ng/ul)	Amount (ng)	260/280	28S:18S	RIN
WGS		12	500	>1.2
WTS	Human/Mouse/Rat	100	1000		>1	>7
WTS	Blood/Plant/Bacteria	200	4000		>1	>7
mRNA seq		20	1000		>1	>7
small RNA seq	total RNA	200	1000		>1	>7
small RNA seq	small RNA	10	50
Chlp seq		0.4	20
Methylation Seq		40	2000	>1.2
16s rRNA Seq
RRBS		15	500

더불어 제공해주신 조직이나 시료는 분석 종료 후에 3개월간 보관됩니다. 또한 NGS RAW DATA도 6개월간 보관되므로 기간 내에 반납이나 다운로드 해두십시오.

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